癌：没有肠嗜铬样（ECL）细胞类癌、发育异常或肿瘤形成的报告。

梭菌艰难相关腹泻（CDAD）：使用质子泵抑制剂（PPI）可能增加CDAD（梭菌艰难相关腹泻）的风险，特别是在住院患者中；持续性腹泻患者认为CDAD（梭菌艰难相关腹泻）诊断不能改善。使用适合治疗疾病的最低剂量和最短持续时间的PPI（质子泵抑制剂）治疗。

皮肤和系统性红斑狼疮：已有报道称为自身免疫性疾病的新发或加重；大多数病例为皮肤性红斑狼疮（CLE），最常见的是亚急性CLE（持续治疗后数周至数年内发生）。系统性红斑狼疮（SLE）不太常见（通常在开始治疗后几天到几年内发生），主要发生在年轻人和老年人之间。如果出现CLE或SLE的症状，停止治疗，并请专家进行评估；大多数患者在停药后4至12周会好转。

骨折：质子泵抑制剂（PPI）治疗可增加髋部、脊柱或手腕骨质疏松相关骨折的发生率。应监测接受大剂量或长期治疗（≥1年）的患者。在最短的时间内使用最低有效剂量，补充维生素D和钙，并遵循适当的指导方针，以降低高危患者发生骨折的风险。

胃底腺息肉：使用质子泵抑制剂（PPI）会增加胃底腺息肉的风险，尤其是长期使用超过1年的患者。可能出现无症状，但可能出现恶心、呕吐或腹痛；溃疡性息肉可能会发生胃肠道出血或贫血。息肉的诊断也可能增加小肠阻塞的风险。使用适合治疗疾病的最低剂量和最短持续时间的PPI（质子泵抑制剂）治疗。

胃肠道感染（如沙门氏菌、弯曲杆菌）：使用质子泵抑制剂可能增加这些感染的风险。

低镁血症：很少报告，通常PPI（质子泵抑制剂）长期使用≥3个月（大多数情况下超过1年的治疗）。可能有症状或无症状；严重的病例可能会导致手足抽搐、癫痫发作和心律不齐。考虑在开始长期治疗之前获得血清镁浓度，特别是同时服用地高辛、利尿剂或其他已知会引起低镁血症的其他药物，而且之后定期服用。低镁血症可以通过补充镁来矫正，可能需要停用埃索美拉唑。镁水平通常在停药后1周内恢复正常。

间质性肾炎：服用PPI（（质子泵抑制剂））的患者已观察到急性间质性肾炎；在治疗期间可能随时发生，通常是由于特发性超敏反应。如果发生急性间质性肾炎，应停止治疗。

维生素B12缺乏：长期治疗（(≥2年）可能导致维生素B12吸收不良，并随后导致维生素B12缺乏。缺乏的程度与剂量有关，女性和年龄较小者（30岁以下）的关联性更强；停止治疗后患病率下降。